淨化計畫中還有一個更為重要的步驟，好讓人得以從毒品藥物的傷害中完全復原。

要完全擺脫毒品藥物的傷害性影響，一個人也需要處理吸食毒品藥物時所記錄下來的心靈影像圖片。淨化計畫可以避免殘留藥物不斷再刺激心靈影像圖片，但這些圖片依然存在。當一個人感知到周遭環境時，就會再刺激這些圖片，因此對這個人產生不好的影響。他無法控制不讓這件事發生，而且這些事件遠低於他的覺察力。它以一種不明顯的方式傷害他，因為真正的原因被隱藏了起來。

處理這些圖片的程序叫做藥物程式。它是由Scientology教會及中心裡訓練有術的從業人員執行。

程式 是一連串的步驟，用來處理一個人的生活或是困難，並達到已知的最終成果。藥物程式最後的結果就是從毒品、酒精或藥物傷害的問題中得到解脫，最後不再需要它們。

一個人在吃藥時，對於物質宇宙的感知和記憶是不正確的，因為它們混雜著過去事件、想像和當時所發生的事實。那個人可以將過去的經歷和現在的感知混在一起。因此他原有的記憶力和思考能力被削弱了。

藥物程式使用幾種方式處理過去使用毒品藥物的問題。第一、使用精確的步驟以處理這個人在吸食毒品藥物時所得到的經驗。這讓他的注意力不再卡在那些經驗。

一個人的注意力越能從過去發生的事件中脫離出來，他就越有能力處理自己的生活。他覺得更明亮，知覺更敏銳，更有能力控制自己的生活以及周遭事物，也越有能力以理性的態度與他人相處。

一個曾吸食毒品藥物的人，也會有許多與毒品藥物相關的不愉快生理反應、情感和心靈感受。在藥物程式中，他將發現並檢視這些感受的來源，並釋放出心靈中和這些來源有關的有害能量。

最後，透過這個程序，這個人將能夠找出他一開始吸毒的真正原因。一個人開始吸食毒品藥物會有一個 理由，有的 是來自生理上的痛苦或絕望感。因此藥物問題基本上是精神的問題。人們正遭受某種痛苦，而藥物就成了減輕痛苦的方式。

人們將毒品、酒精或醫療用藥視為紓解不如意的感覺或情況的解藥，這可能包含無限的範圍，從生理疼痛、焦慮，到缺乏自信心。因此，一個人必須在他把藥物當成「解藥」之前，找出真正出錯的原因。

如果沒有找出最初原因，吸食毒品藥物或酒精的需求依然存在。藥物程式的程序不只處理毒品藥物的影響，同時能讓他們擺脫當初一開始吸食毒品藥物的原因。這個程式完全移除任何可能殘留的渴望，讓他在未來不再使用或依賴毒品藥物。

藥物程式 處理及解決不想要的感覺，不論是正在使用的感覺，或使用毒品、酒精或醫療用藥之前的感覺。藉由完成這個程式，人們將不再受到藥物的影響。

想要徹底修復過去用藥所造成的心靈和精神傷害，則需要這裡的所有 步驟。